El tratamiento de la ITU debe ser lo más precoz posible, por eso cuando la sospecha es importante,  y sobre todo si existe fiebre, se iniciará incluso antes de recibir el resultado del urocultivo ; posteriormente se puede suspender si es negativo o cambiarlo si el germen detectado es resistente al antibiótico elegido de forma empírica. La duración de la antibioterapia será de 14 días en las febriles (altas) mientras que en las cistitis (bajas) puede ser suficiente una semana, salvo que se trate de cuadros recurrentes o que exista malformación urológica.

En los lactantes menores de 3 meses con ITU febril puede ser aconsejable el ingreso para administrar el antibiótico por vía intravenosa, al menos hasta que desaparezca la fiebre. También en casos de cuadro grave , antecedente de malformación nefrourológica o daño renal importante previo.

Cuando se diagnostica una ITU,  sobre todo si es febril y/o  ocurre en niños menores de 2 años se aconseja realizar una Ecografía renal y según los hallazgos de ésta se planteará una Cistografía;  el objetivo es descartar malformaciones nefrourológicas que puedan favorecer la aparición de ITU.  Al cabo de 6-12 meses muchos especialistas recomiendan una gammagrafía (DMSA) para valorar la posible afectación renal tras la infección.

En los niños mayores si son recurrentes se debe investigar una disfunción de la vejiga urinaria, aunque las infecciones no se acompañen de fiebre.

La importancia del diagnóstico y tratamiento correcto y precoz de la ITU,  reside en la prevención de daño renal permanente (cicatrices post-infecciosas),  que a largo plazo pueden desembocar en complicaciones serias como hipertensión arterial mantenida o durante los embarazos y grados diversos de mal funcionamiento renal en años posteriores.

En algunos casos (infecciones de repetición y cuando existan malformaciones urológicas importantes) puede instaurarse un tratamiento preventivo con dosis bajas de antibiótico diarias, aunque no está muy clara su efectividad.

La infección urinaria es una patología más importante de lo que se presume a nivel popular, el problema es que con frecuencia se diagnostica erroneamente:  por exceso con las consiguientes exploraciones y tratamientos innecesarios, pero también en muchas ocasiones o no se diagnostica o se hace tarde o se trata de manera incorrecta, todo ello puede conducir a una afectación renal permanente (se dice que puede ocurrir en aproximadamente un 10% de infecciones febriles/altas).,,